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信号塔启动后的第三个满月，全球种子网络突然出现异常。莱茵河图书馆的管理员发来紧急信号：“光网在闪烁，盐岛的海心稻开始枯萎，叶片上的锈纹变成了灰黑色！”阿明看着监测屏上紊乱的波动曲线，原本流畅的光网出现了蛛网般的裂痕，裂痕处泛着不祥的暗紫色。
“是干扰！”莉娜调出信号溯源，发现干扰波来自北大西洋一座废弃的基因实验室。实验室的标识在屏幕上亮起时，凯瑟琳突然脸色发白：“那是‘净化者联盟’的老巢！”她曾在巴黎档案馆见过这个组织的资料——一群极端科学家认为“锈色基因是地球的病毒”，主张用人工手段清除所有带锈纹的种子，重建“纯净的生态系统”。
话音未落，守田老人跌跌撞撞跑进祠堂，手里举着枯萎的寻根稻：“它们……它们在烂根！”稻根上覆盖着层黏腻的灰膜，原本活跃的菌根真菌己经死去，只剩下蜷曲的残骸。莉娜用显微镜观察，灰膜里藏着无数微型纳米机器人，正疯狂啃食种子的根系，“是‘基因噬虫’！联盟研发的针对锈色基因的武器！”
信号塔的全息光网开始剧烈抖动，非洲沙漠的绿色区域以肉眼可见的速度消退，南极科考站传来消息：“极光稻的荧光消失了，它们在失去活力！”铁蛋从钢铁厂发来的影像更令人心惊——锈铁花成片倒伏，花瓣上的橙红色被灰膜覆盖，连净化土壤的能力都在衰减，仿佛一夜之间被抽走了所有生命力。
“他们想切断种子的联系。”阿明盯着干扰源的位置，实验室的标识旁有行小字：“净化计划第三步：摧毁基因网络”。守桥人突然在电台里大喊：“鲁尔区的桥塌了！那些机械巨臂又出现了，它们在拆信号塔的中继站！”屏幕上，光网的裂痕正顺着中继站的位置蔓延，像被剪刀剪断的丝线。
凯瑟琳翻出先贤祠的石碑拓片，在“共生之道”的结尾发现了被磨损的字迹：“有阴则有阳，种子需藏锋”。她突然明白：“联盟在利用光网的传播特性投放噬虫！我们必须暂时关闭主信号塔，切断传播路径！”可莉娜反对：“一旦关闭，各地的种子会失去联系，己经被感染的可能彻底灭绝！”
争执间，信号塔突然发出刺耳的警报。全息光网的中心——北京试验田的位置，正被暗紫色的干扰波笼罩，寻根稻的锈纹以惊人的速度褪色。守田老人把最后一包初代月尘稻种塞进阿明手里：“去实验室！只有找到噬虫的弱点，才能救它们！”老人的拐杖重重砸在地上，杖头的铜片弹出个微型芯片，“这是赵老留下的‘种子防火墙’，说关键时刻能让光网自愈。”
车队驶向北大西洋时，遇到了从盐岛赶来的老周。他的破冰船甲板上，几株海心稻正在顽强抵抗噬虫，根须上的盐晶结得异常厚实，灰膜在盐晶外无法渗透。“噬虫怕盐！”老周把海心稻的盐基因数据传给莉娜，“盐岛的稻子能分泌特殊盐晶，或许能做抗体！”
实验室藏在海底的废弃钻井平台下，入口处的金属门上刻着扭曲的标识：“清除杂质，还地球纯净”。平台周围的海水泛着灰紫色，连最耐污的藻类都无法存活。阿明带队潜入时，发现实验室里布满了培养舱，舱内漂浮着被噬虫侵蚀的种子标本，屏幕上循环播放着联盟的宣言：“锈色基因是进化的错误，必须被抹除”。
在主控室的服务器里，莉娜找到了噬虫的核心代码——竟是用月尘稻的基因片段改造的！“他们利用了种子的共生特性！”她快速敲击键盘，把老周的盐基因数据和赵老的防火墙芯片结合，“就像给种子打疫苗，让它们认出噬虫是敌人！”
当防火墙程序注入全球网络的瞬间，信号塔的全息光网突然爆发出耀眼的光芒。暗紫色的干扰波在光芒中寸寸瓦解，被感染的种子重新亮起锈纹，海心稻的盐晶顺着光网流动，在每个节点筑起防护层。实验室的培养舱纷纷破裂，噬虫在盐晶与锈纹的夹击下化为粉末。
撤离平台时，阿明回头望了一眼。阳光穿透海水，照亮了平台周围重新变得清澈的水域，几株混血种子正从裂缝里钻出来，根须缠着平台的锈铁，像在宣告谁才是这片海洋的新主人。
回到北京试验田，信号塔的光网己经恢复了流畅，只是每个光点周围多了层淡金色的光晕——那是盐晶与锈纹共同筑起的防护盾。守田老人站在稻田里，看着寻根稻重新抽出新芽，笑着说：“种子们学会打架了，以后再也不怕坏人欺负了。”
当晚，全球的种子监测仪都传来喜讯：被感染的区域开始返绿，鲁尔区的麦浪恢复了起伏，苔原的极光下重新响起收割声。阿明站在信号塔下，望着光网里流动的金色光晕，突然明白所谓的光明，从来不是没有黑暗，而是种子们懂得在阴影中彼此守护，用共生的力量，把黑暗织成照亮前路的网。
